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　　鞭毛虫主要生活在牛的瘤胃和网胃中，纤毛虫主要生活在瘤胃里。牛的瘤胃是弱酸（ph5.5-6.5）、恒温的无氧环境，非常适合这些共生厌氧微生物的生长。

　　鞭毛虫以瘤胃里的细菌、真菌、淀粉和糖为食，并且产生短链脂肪酸给牛提供能量。虽然鞭毛虫不直接分解纤维素但是可以影响纤维素分解菌的活性，优化纤维发酵效率。纤毛虫能分泌纤维素酶，把植物纤维消化分解成糖滋养细菌们，也可以发酵淀粉来减少乳酸堆积，稳定瘤胃的 ph 值。

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　　鞭毛虫、纤毛虫和其他细菌们最终会随着食糜一起进入皱胃（真胃）和小肠被消化吸收，给牛提供大量的蛋白质能量。纤毛虫提供的蛋白质约占牛总蛋白摄入的 5-15%，鞭毛虫的贡献通常低于 2%，瘤胃细菌是牛的主要蛋白质来源 60-70%。

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　　牛为了获得更多的蛋白质，还进化出了特殊的尿素循环。血液中的尿素 40-70% 通过瘤胃胃壁进入瘤胃，还有部分尿素随着唾液进入消化道。瘤胃里的微生物们分泌脲酶将尿素分解并合成蛋白质（可为牛提供约 20-30% 的日粮蛋白质）。人类还会特意在成年牛的饲料里面添加尿素，以便牛能获得更多的蛋白质。